В структуру УФСИН России по г.Санкт-Петербургу и Ленинградской области входят следующие отделы и службы:
- отдел собственной безопасности
- контрольно-ревизионное отделение
-организационно-аналитический отдел
-отдел делопроизводства и архивной работы
- юридическая служба
- пресс-служба
-группа по соблюдению прав человека в УИС
- группа по мобилизационной подготовке и гражданской обороне
- ветеринарная служба
- группа оргштатной работы
-кустовая инспекция технического надзора
- отдел по контролю за исполнением наказаний, не связанных с изоляцией от общества
- отдел специального учета
- оперативный отдел
- отдел безопасности
- инспекция ведомственной пожарной охраны
- отдел специального назначения
- отдел воспитательной и социальной работы с осужденными
- отдел по работе с личным составом
- психологическая служба
- отдел организации работы по противодействию коррупции и инспекции по личному составу
-группа прохождения службы и наград
-отдел организации службы охраны
- кинологическая служба
отделение инженерно-технического обеспечения и вооружения
- группа организации действий при возникновении ЧО
- главный инженер
- главная бухгалтерия
- отдел тылового обеспечения
- отдел транспорта, главного механика и энергетика
-группа государственного оборонного заказа и государственных закупок
- отдел капитального строительства и ремонта
- инспекция по охране труда и технике безопасности
-финансовый отдел
- отдел планирования и оплаты труда
- отдел пенсионного обеспечения
- отдел трудовой занятости спецконтингента